Recientemente, investigadores del Reino Unido, han publicado los resultados del mayor estudio realizado mediante secuenciación del genoma completo1. En total, se han estudiado 18,640 cánceres diferentes, lo que ha requerido realizar avances no sólo en la interpretación de los resultados sino en el desarrollo de una nueva tecnología que permitiese el análisis de toda esta cantidad de datos.
Una primera conclusión realizada por los autores es que existen marcadores tumorales comunes y otros raros, además de la identificación de nuevos biomarcadores no identificados previamente.
Figura 1. Descubrimiento y aplicación de marcadores mutacionales comunes y raros. El análisis mediante genoma completo de tres grandes cohortes de cáncer reveló que los marcadores comunes por órgano son limitadas en número, mientras que el número de marcadores raros aumenta con el aumento del tamaño de la cohorte. Los marcadores de referencia permiten la comparación entre órganos y cohortes. Por lo tanto, se puede utilizar un nuevo algoritmo, FitMS, que tiene en cuenta los marcadores comunes y raras, para analizar nuevas muestras. GEL, cohorte de Genomics England.
Un avance importante en este trabajo, consiste en el desarrollo de un algoritmo, que los autores han denominado FitMS, que permite analizar y comparar de manera automatizada, marcadores comunes y raros en cáncer en nuevas muestras, utilizando como referencia las muestras estudiadas en las tres cohortes analizadas en este trabajo. Además, los autores han visto que hay determinados marcadores tumorales específicos de tejido, al igual que otros trabajos, lo que confirma la especificidad de algunos procesos biológicos en según que tipo de tumor se estudie.
Figura 2. Ilustración de los marcadores mutacionales comunes y raros en muestras de cáncer y el flujo de trabajo del algoritmo FitMS. Representación esquemática de los marcadores comunes (gris y colores más claros) frente a los marcadores raras en tres tipos de tumores de ejemplo (cáncer de mama, de sistema nerviosos central (CNS) y en cáncer colorrectal). Cada paciente puede tener diferente número de marcadores (o todas) los marcadores comunes. Ocasionalmente, además un paciente puede tener también un marcador raro (colores brillantes). Algunos marcadores comunes tienen una distribución ubicua y están presentes en casi en casi todos los tipos de tumores, mientras que otros marcadores comunes están restringidos a ciertos tipos de tumores. Los marcadores raros pueden ser únicas (punto amarillo) o pueden aparecer también en otros tipos de tumores (puntos rojos). Los autores Proponen un algoritmo práctico, FitMS, que hace uso de los de los conocimientos obtenidos en este estudio. Dada una nueva muestra -por ejemplo, un nuevo cáncer cerebral de mutaciones del cáncer cerebral, FitMS ajustará las firmas comunes del SNC antes de intentar descubrir otras firmas raras observadas en el SNC y en otros tumores.
El desarrollo de este algoritmo denominado FitMS, podrá ayudar en el futuro a acelerar los procesos de diagnóstico, y potencialmente la identificación de biomarcadores susceptibles de tratamientos específicos, como ya ocurre en algunos tipos de tumores, todo ello dentro de lo que cada vez se va implementando en la clínica, como es la medicina genómica. Por tanto, la tendencia será al tratamiento cada vez más personalizado en función del tipo de tumor, de la variante genética y de la localización del mismo.
Referencia
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